儿童孤独症的预后取决于患者病情的严重程度、儿童的智力水平、教育和治疗干预的时机和干预程度。儿童的智力水平高、干预的年龄越小、训练强度越高，效果越好。在欧美国家，已有不少通过教育和训练治愈的报道。不予治疗绝大多数的孤独症儿童预后较差。小部分患儿随着年龄的增长会有不同程度的自我改善。